Het belangrijkste verschil tussen in-situ en ex-situ instandhouding is dat de in-situ instandhouding de instandhoudingsmethode is die het behoud van soorten in hun gebruikelijke habitats omvat, terwijl de ex-situ instandhouding de instandhoudingsmethoden zijn die soortenbehoud elders buiten de natuurlijke leefomgeving.
Het behoud van biodiversiteit en genetische hulpbronnen is een belangrijk fenomeen. Het behoud van biodiversiteit en genetische hulpbronnen kent voornamelijk twee strategieën. Het kan worden gedaan terwijl ze in hun natuurlijke omgeving worden gehouden of ze naar buiten worden gebracht vanuit hun natuurlijke habitat en op andere plaatsen worden beschermd. Bij instandhouding in situ vindt het behoud van soorten plaats terwijl ze zich in hun gebruikelijke of natuurlijke habitat bevinden. Bij behoud ex situ vindt het behoud van soorten plaats op een andere plaats buiten de natuurlijke habitat. Daarom verschillen deze twee methoden op veel manieren van elkaar. Beide methoden zijn echter essentieel voor de bescherming van bedreigde of bedreigde dier- en plantensoorten.
