Het belangrijkste verschil tussen mest en organisch materiaal is dat de mest een vorm van organisch materiaal is dat door de mens wordt gemaakt, terwijl het organische materiaal de koolstofrijke verbindingen is die van nature in de bodem worden gevormd.
Planten zijn de belangrijkste primaire producenten in onze ecosystemen. Daarom zijn ze belangrijk voor het leveren van voedsel voor andere dieren en dragen ze ook bij aan het behoud van het natuurlijke evenwicht. Planten hebben ook voedsel en water nodig om te groeien. Ze zijn afhankelijk van de bodem voor voedsel, water en leefgebied. Daarom moet de bodem gezond zijn en is organische stof nodig om de kwaliteit van de bodem te behouden. Organische stof zijn de verbindingen die koolstof bevatten. In de bodem komen veel vormen van organisch materiaal voor. Mest daarentegen is door de mens gemaakt en bevat alle essentiële voedingsstoffen die nodig zijn voor het verbeteren van de bodemgezondheid. Daarom zijn organische stof en mest twee terminologieën die erg belangrijk zijn in bodembiologie en landbouw.