Het belangrijkste verschil tussen alfa- en bèta-helix is afhankelijk van het type waterstofbinding dat ze vormen bij het ontwikkelen van deze structuren. Alfa-helices vormen intra-moleculaire waterstofbindingen, terwijl de beta-helices inter-moleculaire waterstofbindingen vormen.
Complexe eiwitten hebben vier structurele organisatieniveaus: primair, secundair, tertiair en quartair. De secundaire structuren van eiwitten vormen de peptideketens in verschillende oriëntaties. De peptideketens bestaan uit aminozuursequenties die zijn gebonden door peptidebindingen. Daarom zijn er twee belangrijke secundaire structuren in eiwitten als alfa-helix en beta-helix. Daarnaast zijn er andere secundaire structuren, de bètabocht- en haarspeldstructuren. Dit artikel richt zich voornamelijk op het verschil tussen alfa- en bèta-helix.
