Het belangrijkste verschil tussen metagenomica en metatranscriptomica is afhankelijk van het type biomoleculen dat in elk gebied wordt bestudeerd. Metagenomics bestudeert DNA, zijn sequenties en zijn gedrag in organismen, terwijl metatranscriptomics het getranscribeerde DNA bestudeert, voornamelijk mRNA-sequenties en zijn gedrag in organismen.
Metagenomics en metatranscriptomics zijn twee velden die in de loop der jaren enorm populair zijn geworden in relatie tot de microbiële gemeenschap. Ze zijn belangrijk in de gezondheidszorg, de industrie en de landbouwbiotechnologie. Zowel metagenomics als metatranscriptomics maken de studie mogelijk van individuele organismen in een gemeenschap en hun functionele rollen die ofwel gunstig ofwel schadelijk zijn.
