Het belangrijkste verschil tussen acetyl CoA en acyl CoA is dat acetyl CoA (of acetyl co-enzym A) helpt bij het metabolisme van eiwitten, koolhydraten en lipiden, terwijl acyl CoA (of acyl co-enzym A) helpt bij het metabolisme van vetzuren.
Acetyl CoA is erg nuttig bij het leveren van de acetylgroep aan de Krebs-cyclus voor energieproductie. Een acetylgroep is een functionele groep met de chemische formule -C (O) CH 3. Een acylgroep is ook een functionele groep met de chemische formule –C (O) R waarbij de R-groep een vetzuurzijketen is. Het is nuttig bij de productie van energie door omzetting in acetyl-CoA.
