Het belangrijkste verschil tussen antigeen en pathogeen is dat antigeen een vreemde stof, toxine of molecuul is dat een immuunrespons kan stimuleren om er antilichamen tegen te produceren, terwijl pathogeen een organisme is, vooral een microbe, dat ons lichaam infecteert en ziekten veroorzaakt.
Ziekteverwekkers zijn alle vreemde organismen die ziekten veroorzaken bij waardplanten en dieren. Een antigeen is een molecuul dat zich in de celwand van bacteriën of de coating van organismen bevindt. Antigeen zorgt ervoor dat ons immuunsysteem er antilichamen tegen aanmaakt en ons lichaam beschermt tegen schadelijke vreemde organismen.
