Het belangrijkste verschil tussen O- en H-antigeen is dat O-antigeen het buitenste deel van de oppervlaktebedekking van de bacterie is, terwijl H-antigeen de slanke draadachtige structuur is die deel uitmaakt van de flagella.
Antigenen zijn moleculaire herkenningsplaatsen die aanwezig zijn in veel bacteriën, schimmels, virussen, stofdeeltjes en andere cellulaire en niet-cellulaire deeltjes die door het immuunsysteem van de gastheer kunnen worden herkend. Over het algemeen zijn de meeste antigenen aanwezig op het celoppervlak. Structureel kunnen antigenen eiwitten, aminozuren, lipiden, glycolipiden of glycoproteïnen of nucleïnezuurmarkers zijn. Deze moleculen hebben een specifiek vermogen om een immuunrespons bij de gastheer teweeg te brengen. Deze immuunrespons wordt bewerkstelligd door de productie van antilichamen als een overeenkomstig resultaat op gang te brengen.
Antigenen worden over het algemeen gebruikt in serotype-identificatiesystemen voor de bacteriën. Salmonella is een bacterieel geslacht met veel serotypen. Serotypen zijn groepen micro-organismen binnen dezelfde soort. Deze serotypen kunnen worden onderscheiden door de combinatie van O-antigeen en H-antigeen. O-antigeen is een LPS-zijketen, terwijl H-antigeen een onderdeel is van de flagella.
