Het belangrijkste verschil tussen bacteriochlorofyl en chlorofyl is dat de anoxygene fototrofen, zoals paarse bacteriën, heliobacteriën en groene zwavelbacteriën, etc. bacteriochlorofyl hebben, terwijl zuurstofrijke fototrofen zoals groene planten, algen en cyanobacteriën chlorofylen hebben.
Er zijn twee soorten fotosynthese; zuurstofrijke fotosynthese en anoxygene fotosynthese. Er zijn ook twee soorten fotosynthetische pigmenten, namelijk chlorofyl en bacteriochlorofyl. Zuurstof fototrofen hebben chlorofyl, terwijl anoxygene fototrofen bacteriochlorofyl hebben. Bacteriochlorofyl en chlorofyl zijn vergelijkbaar in de algehele structuur. Maar ze verschillen in de vervangingen rond de ring en in de lengte en vervangingen op de fytolstaart. Er zijn vier soorten chlorofylen, terwijl er zeven soorten bacteriochlorofylen zijn.
