Het belangrijkste verschil tussen gametofytische en sporofytische zelf-incompatibiliteit is dat in gametofytisch zelf-incompatibiliteitssysteem het stuifmeelfenotype wordt bepaald door het gametofytische haploïde genotype, terwijl bij sporofytische zelf-incompatibiliteit het stuifmeelfenotype wordt bepaald door het diploïde genotype van de plant.
Zelf-incompatibiliteit is een bestuivingscontrolemechanisme in planten. Het voorkomt voornamelijk zelfbestuiving en dwingt kruisbestuiving af, wat een evolutionair voordeel is. Zelf-incompatibiliteit treedt op als gevolg van negatieve chemische interacties tussen pollen en stijlweefsel binnen hetzelfde allel. Hoewel pollen en stampers levensvatbaar en vruchtbaar zijn, vindt in deze planten geen kieming van stuifmeel plaats. Wanneer stuifmeelkieming niet plaatsvindt, kan de stuifmeelbuis zich niet vormen. Dan slagen de pollen er niet in mannelijke gameten af te leveren aan vrouwelijke gameten voor bevruchting. Als gevolg hiervan kunnen ze geen zaden produceren.
Er zijn twee belangrijke systemen voor zelf-incompatibiliteit, namelijk gametofytische zelf-incompatibiliteit en sporofytische zelf-incompatibiliteit. Het zijn zelf-incompatibiliteitssystemen met enkele locus die zijn gebaseerd op een enkele multi-allelische locus (S). Deze locus bestaat uit één stamper die het S-gen tot expressie brengt en één stuifmeel dat het S-gen tot expressie brengt.
