Het belangrijkste verschil tussen pluripotente en multipotente stamcellen is dat de pluripotente cellen het vermogen hebben om te differentiëren in elk celtype van de drie kiemlagen, terwijl de multipotente stamcellen het vermogen hebben om zich te ontwikkelen tot een beperkt aantal specifieke celtypen.
Bepaalde cellen kunnen differentiëren tot andere soorten gespecialiseerde cellen. Dit vermogen wordt celpotentie genoemd. Wanneer een cel in staat is om in meer celtypen te differentiëren, heeft die cel een grote potentie. Evenzo hebben de stamcellen een grote celkracht. Het zijn ongedifferentieerde cellen van meercellige organismen die zich snel kunnen delen en differentiëren tot andere celtypen. Dienovereenkomstig zijn er twee hoofdtypen stamcellen. Het zijn namelijk embryonale stamcellen en volwassen stamcellen. Op basis van het vermogen om te differentiëren in celtypen, zijn sommige stamcellen totipotent, terwijl andere pluripotent en multipotent zijn. Pluripotente stamcellen kunnen elk type cel in de drie kiemlagen worden, terwijl multipotente stamcellen kunnen differentiëren in specifieke celtypen. Dienovereenkomstig zijn embryonale stamcellen pluripotente cellen. Aan de andere kant zijn bloedstamcellen multipotente stamcellen.
