Het belangrijkste verschil tussen transformatie en transmutatie is dat transformatie een wijziging is van de genetische samenstelling door genoverdracht om veranderde karakters teweeg te brengen, terwijl transmutatie het proces is dat het organisme volledig verandert door de invloed van een mutatie.
Transformatie en transmutatie zijn twee concepten die opduiken in de evolutiebiologie. In de loop van de tijd zijn organismen getransformeerd en getransmuteerd om zich aan te passen aan verschillende omgevingsomstandigheden. Beide termen verklaren gewoonlijk hetzelfde fenomeen; er is echter een miniem verschil tussen transformatie en transmutatie.