De belangrijk verschil tussen transformatie en transductie is dat transformatie een mechanisme is dat het genetisch materiaal van bacteriën verandert door directe opname van exogeen genetisch materiaal uit zijn omgeving door het celmembraan en opname ervan in het genoom, terwijl transductie de injectie is van vreemd DNA door een bacteriofaagvirus in de gastheerbacterie.
Conjugatie is een bekende methode van DNA-recombinatie, die zowel in eukaryoten als in prokaryoten kan worden aangetroffen. Wetenschappers hebben ontdekt dat het mogelijk is om DNA van de ene bacteriële cel naar de andere over te brengen via twee andere mechanismen: transformatie en transductie. Net als bij conjugatie, dragen deze twee mechanismen DNA in één richting over en vindt recombinatie plaats tussen allelen in homologe DNA-gebieden. Beide mechanismen dragen zeer weinig hoeveelheden DNA over en brengen niet het hele celchromosoom over.
