De belangrijk verschil tussen hnRNA en mRNA is dat hnRNA het onverwerkte premature mRNA-transcript is dat introns bevat, terwijl mRNA het verwerkte RNA is dat geen introns bevat.
Er zijn verschillende soorten RNA, en hnRNA en mRNA zijn twee soorten. Heterogeen nucleair RNA, ook bekend als pre-mRNA, is een type primair transcript dat in de kern wordt geproduceerd. Zodra pre-mRNA is gemaakt, wordt het post-transcriptioneel verwerkt tot functioneel mRNA, dat kan worden vertaald in een eiwit in het cytoplasma. Daarom wordt hnRNA gesynthetiseerd uit een DNA-template en is het een nieuw gevormd RNA voorafgaand aan verwerking. mRNA is de RNA-sequentie die de genetische informatie bevat om een eiwit te produceren. Het is een vorm van RNA na verwerking. Bovendien draagt mRNA genetische codons van het DNA in de kern naar de ribosomen voor de eiwitsynthese.
