De belangrijk verschil tussen acidofiel en basofiel is dat acidofiele componenten van een cel zuurminnende zijn en dat zure kleurstoffen worden gebruikt om ze te kleuren, terwijl basofiele componenten van een cel basisminnend zijn en basische kleurstoffen worden gebruikt om ze te kleuren.
Kleuring is een techniek die wordt gebruikt om cellen en hun componenten te visualiseren, aangezien veel cellen kleurloos en transparant zijn. Sommige componenten van de cel houden van zuur, terwijl sommige delen van base houden. Zure kleurstoffen en basische kleurstoffen zijn twee soorten kleurstoffen die vaak worden gebruikt bij het vermelden van procedures. Basofiele kleuring maakt gebruik van basische kleurstoffen, terwijl acidofiele kleuring zure kleurstoffen gebruikt. Daarom binden acidofiele of zuurminnende componenten zich met zure kleurstoffen, terwijl basofiele of base-liefhebbende componenten binden met basische kleurstoffen.
