Het belangrijkste verschil tussen vlaggenschip en paraplu-soort is dat vlaggenschipsoort een soort is die fungeert als een symbool of pictogram voor een gedefinieerde habitat, terwijl paraplu-soort de soort is die indirect betrokken is bij het behoud van vele andere soorten op ecosysteem- of landschapsniveau.
In een ecosysteem zijn er verschillende soorten levende organismen. Deze soorten communiceren onderling via verschillende soorten processen, zoals predatie, parasitisme, mutualisme, symbiose en competitie. Het behoud van soorten kan subjectief zijn en het bepalen van de status van soorten is niet eenvoudig. Daarom kunnen, voor het gemak van instandhouding, sommige soorten worden gebruikt, zoals paraplu-soorten, keystone-soorten en vlaggenschipsoorten. De veranderingen bij deze soorten geven de status van andere soorten in het ecosysteem aan. Daarom worden beslissingen over instandhouding gemakkelijker.
