Het belangrijkste verschil tussen Protostomes en Deuterostomes is dat in protostomes blastopore de mond wordt, terwijl het in deuterostomes de anus wordt. Een ander groot verschil is dat embryo's van protostomen spiraalvormige splitsing ondergaan, terwijl embryo's van deuterostomes radiale splitsing ondergaan.
Om deze twee termen te begrijpen, zou het belangrijk zijn om aandacht te besteden aan hoe de embryonale ontwikkeling van organismen plaatsvindt. Het zou vooral belangrijk zijn om dieren te beschouwen met een coelom, een met vloeistof gevulde holte die ligt tussen endoderm (darm) en mesoderm (meestal spierlaag); met andere woorden, coelom is het peritoneum bij zoogdieren. Protostomes en deuterostomes zijn de twee belangrijkste soorten coelomate dieren, en er zijn veel verschillen tussen hen. Ze verschillen voornamelijk in de manier waarop hun mond en anus worden gevormd tijdens embryonale ontwikkelingen.
