Het belangrijkste verschil tussen polyatomaire ionen en verbindingen is dat de polyatomaire ionen een positieve of negatieve elektrische lading hebben, terwijl de verbindingen geen netto elektrische lading hebben.
Een polyatomisch ion is een term die we gebruiken om chemische soorten te noemen die twee of meer atomen bevatten die een netto negatieve of positieve elektrische lading hebben. De elektrische lading van dit ion is het resultaat van het aantal elektronen dat in elk atoom aanwezig is; als er meer elektronen zijn dan het totale aantal protonen in atomen, krijgt het een netto negatieve lading en vice versa. Verbindingen daarentegen zijn chemische soorten zonder elektrische lading. Ze hebben een gelijk aantal elektronen en protonen.