Het belangrijkste verschil tussen porines en aquaporines is dat porines met water gevulde poriën en kanalen zijn die worden aangetroffen in de membranen van bacteriën en eukaryoten. Ondertussen zijn aquaporines membraaneiwitten die in levende cellen waterselectieve kanalen vormen.
Bij levende organismen gaan verschillende moleculen de cel in en uit via het plasmamembraan. Er zijn dus verschillende membraaneiwitten in het plasmamembraan om de moleculen die de cellen binnenkomen en uitgaan in stand te houden en te reguleren. Porins en aquaporins zijn twee van dergelijke soorten membraaneiwitten. Hiervan zijn de porines met water gevulde poriën die het transport van hydrofiele moleculen door het membraan vergemakkelijken. Ondertussen zijn aquaporines waterselectieve kanalen die specifiek water doorlaten door het membraan.
