Het belangrijkste verschil tussen F-plasmide en R-plasmide is dat F-plasmide een extrachromosomaal DNA is dat genen bevat die coderen voor de vruchtbaarheidsfactor. Ondertussen is R-plasmide een extrachromosomaal DNA dat genen bevat die coderen voor de resistentie tegen antibiotica.
Een plasmide is een klein circulair dubbelstrengs DNA dat in bacteriën aanwezig is. Ze zijn extrachromosomaal DNA en kunnen zichzelf repliceren. Ze dragen genen die nodig zijn voor hun zelfreplicatie en onderhoud. Naast de genen die nodig zijn voor zelfreplicatie, bevatten plasmiden ook verschillende andere noodzakelijke genen voor het coderen van speciale eigenschappen, zoals antibioticaresistentie, afbraak van macromoleculen, tolerantie voor zware metalen, productie van bacteriocines, overdracht van genen, enz. gunstig voor bacteriën.
Bovendien is er een grote verscheidenheid aan plasmiden. R-plasmiden en F-plasmiden zijn er twee van. F-plasmide is een vruchtbaarheidsplasmide dat in staat is tot conjugatie en productie van geslachtspili. R-plasmide is een resistentieplasmide dat resistentie kan bieden tegen antibiotica en bepaalde bacteriegroeiremmers.