Het belangrijkste verschil tussen fagolysosoom en fagosoom is dat fagolysosoom een cytoplasmatisch lichaam is dat wordt gevormd door de fusie van een fagosoom met een lysosoom. Ondertussen is fagosoom een blaasje gevormd rond de deeltjes die tijdens fagocytose worden overspoeld door een fagocytische cel.
Fagocytose is een afweermechanisme dat in bepaalde cellen of organismen wordt gebruikt om vreemde deeltjes uit het lichaam te verwijderen. Fagocyten zijn de cellen die fagocytose uitvoeren. Fagocyten zijn soorten witte bloedcellen, vooral neutrofielen, monocyten en macrofagen die in het bloed aanwezig zijn. Deze cellen beschermen het lichaam door vreemde deeltjes te detecteren, zoals bacteriën, toxines, dode en stervende lichaamscellen, enz. Fagocyten overspoelen ze en vernietigen ze. Fagocytose is een soort endocytose. Door fagocytose internaliseren vaste deeltjes zich in een structuur die een fagosoom wordt genoemd. Als ze eenmaal in het fagosoom zijn opgesloten, versmelten ze met lysosomen en vormen ze fagolysosomen. Met behulp van de lysosoomhydrolase-enzymen worden de deeltjes in het fagosoom afgebroken en vernietigd.
