Het belangrijkste verschil tussen codominantie en meerdere allelen is dat codominantie de effecten van beide allelen onafhankelijk uitdrukt, zonder te mengen in de heterozygote toestand, terwijl meerdere allelen verwijzen naar de toestand van een eigenschap die meer dan twee verschillende allelen heeft.
Over het algemeen wordt elk gen geleverd met twee verschillende allelen. De ene is een dominant allel terwijl de andere een recessief allel is. Volgens de overerving van Mendel drukt het dominante allel zijn fenotype uit terwijl het recessieve allel in de heterozygote toestand wordt onderdrukt. Sommige genen hebben echter drie of meer verschillende allelen voor één eigenschap. Ze worden meerdere allelen genoemd. Bovendien is codominantie een niet-Mendeliaanse overerving. Bij dit fenomeen ontvangen nakomelingen beide oudergenen als een combinatie van beide genen. Daarom komen beide genen gelijkelijk tot expressie in de nakomelingen.
