Het belangrijkste verschil tussen startcodon en stopcodon is dat startcodon de trinucleotidesequentie is die het begin markeert van de sequentie die zich vertaalt in een eiwit, terwijl stopcodon de trinucleotidesequentie is die het einde markeert van de sequentie die zich vertaalt in een eiwit.
Genetische code van een gen bevat de instructie die nodig is om een specifiek eiwit te maken. Het bevat trinucleotidesequenties die bekend staan als codons. Elk codon specificeert een aminozuur. Aminozuren zijn de bouwstenen van een eiwit. De genetische code van elk gen begint met een startcodon en eindigt met een stopcodon. Daarom markeert het startcodon de plaats waar de vertaling in eiwit begint. Stopcodon daarentegen markeert de plaats waar de vertaling in eiwit eindigt. Daarom kunnen we deze twee codons identificeren als twee leestekens in de genetische code. Beide zijn specifieke trinucleotidesequenties.
