De belangrijk verschil tussen chromatofocussering en iso-elektrische focussering is dat chromatofocussering een soort kolomchromatografiemethode is die ionenuitwisselingsharsen gebruikt, terwijl iso-elektrische focussering een soort elektroforese-techniek is die geïmmobiliseerde pH-gradiëntgels gebruikt.
Chromatofocussering en iso-elektrische focussering zijn twee technieken die eiwitten scheiden op basis van hun iso-elektrische punten. Zowel chromatofocussering als iso-elektrische focussering hebben een groot oplossend vermogen. Chromatofocussering is een kolomchromatografiemethode met hoge resolutie, terwijl iso-elektrische focussering een elektroforetische scheidingsmethode is. Bovendien gebruikt chromatofocussering geen elektrisch veld, terwijl iso-elektrisch focusseren een elektrisch veld nodig heeft.
