Het belangrijkste verschil tussen cyanobacteriën en proteobacteriën kan niet specifiek worden afgeleid. Cyanobacteriën, bekend als blauwgroene algen, zijn echter volledig fotosynthetisch, terwijl proteobacteriën bestaan uit een grote verscheidenheid aan gramnegatieve organismen waarvan sommige organismen fotosynthetisch zijn.
Hoewel cyanobacteriën en proteobacteriën veel kenmerken gemeen hebben, kunnen ze op basis van hun vermogen tot fotosynthese van elkaar verschillen. Ze zijn echter allebei industrieel belangrijke organismen en ook ziekteverwekkende organismen.
