Het belangrijkste verschil tussen assimilerende en dissimilerende sulfaatreductie is dat assimilerende sulfaatreductie cysteïne als eindproduct produceert, terwijl dissimilerende sulfaatreductie sulfide als eindproduct produceert.
Sulfaatreductie is een van de belangrijkste anaërobe ademhalingswegen. Bovendien zijn sommige microben die afhankelijk zijn van anaërobe omstandigheden in staat sulfaten te verminderen om energie te verkrijgen. Bovendien zijn er twee hoofdroutes waarin sulfaten verminderen; zij zijn de assimilatieroute en de dissimilatieroute. Waarin, in de assimilatieroute, de reductie van sulfaat cysteïne oplevert als zijn eindproduct, dat kan worden opgenomen in levende organismen zoals planten en hogere eukaryoten. Integendeel, de dissimilatieroute van sulfaatreductie levert sulfide op als het eindproduct. Daarom is het meest significante, onderscheidbare verschil tussen assimilerende en dissimilerende sulfaatreductie het type eindproduct dat elk produceert.
