Het belangrijkste verschil tussen zoöplankton en fytoplankton is dat het zoöplankton heterotroof niet-fotosynthetiserend plankton is dat ofwel protozoa of een dier is, terwijl het fytoplankton autotroof fotosynthetisch plankton is dat ofwel een diatomeeënaarde, cyanobacteriën of algen is.
Planktons zijn de kleine organismen die leven en drijven in de oceanen, zeeën of zoetwaterlichamen. De meeste zijn microscopisch klein en vormen een belangrijke voedselbron voor grotere dieren. Er zijn twee hoofdtypen plankton, namelijk zoöplankton en fytoplankton. Zooplanktons zijn heterotroof en omvatten dieren die niet in staat zijn tot fotosynthese. Aan de andere kant is fytoplankton fotosynthetisch plankton, dat autotroof is. Bovendien slaan fytoplanktons energie op via fotosynthese en voeden zoöplankton en nekton (dieren met een groot lichaam die actief in de waterkolom bewegen) zich daarvan. Mensen en andere roofdieren voeden zich op grote schaal met nekton en wat groter zoöplankton. Ook hebben de menselijke activiteiten, zoals milieuvervuiling, grotendeels een negatieve invloed op deze energiestroom die vertrekt vanuit fytoplankton.
