Het belangrijkste verschil tussen genetische afstand en fysieke afstand is het type sequentie dat wordt gebruikt bij het analyseren van de afstand tussen twee populaties van dezelfde soort. Genetische afstand meet de genetische divergentie tussen soorten of tussen populaties binnen een soort, terwijl fysieke afstand het aantal nucleotiden tussen de twee markers meet.
Genetische afstand en fysieke afstand geven inzicht in de evolutionaire relaties tussen twee populaties van een soort. Daarom bieden afstandskaarten koppeling van populaties op basis van genetische gegevens. Genoomsequencing en bioinformatica-analyse spelen een belangrijke rol bij het bepalen van zowel genetische als fysieke afstanden.
