Het belangrijkste verschil tussen Watson en Crick en Hoogsteen basenparing is dat Watson en Crick basenparing de standaardmanier is die de vorming van basenparen tussen purines en pyrimidines beschrijft. Ondertussen is Hoogsteen-basenparing een alternatieve manier om basenparen te vormen waarbij het purine een andere conformatie aanneemt ten opzichte van pyrimidine.
Een nucleotide heeft drie componenten: een stikstofbase, een pentosesuiker en een fosfaatgroep. Er zijn vijf verschillende stikstofhoudende basen en twee pentosesuikers die betrokken zijn bij de structuur van DNA en RNA. Wanneer deze nucleotiden een nucleotidesequentie vormen, vormen complementaire basen, ofwel purines of pyrimidines, waterstofbruggen tussen hen. Dit staat bekend als basenparing. Daarom wordt een basenpaar gevormd door twee stikstofhoudende basen met elkaar te verbinden door waterstofbruggen. De basenparing van Watson en Crick is de klassieke of standaardbenadering, terwijl Hoogsteen-basenparing een alternatieve manier is om basenparen te vormen.
