De belangrijk verschil tussen antigene en fasevariatie is dat antigene variatie het mechanisme is dat verwijst naar de expressie van antigeen verschillende eiwitten, koolhydraten of lipiden op hun oppervlak, terwijl fasevariatie het omkeerbaar aan en uit schakelen van fenotype-expressie is.
Antigene en fasevariatie zijn twee soorten moleculaire mechanismen die door pathogenen worden gebruikt om immuunresponsen van de gastheer te vermijden. Ze zijn aan elkaar gerelateerd. Door deze mechanismen kunnen microben, vooral bacteriën, zich aanpassen aan meer dan één omgeving. Als resultaat van fase- en antigene variatie wordt een heterogeen fenotype van een klonale bacteriepopulatie gevormd. In deze populatie brengen individuele cellen fasevariabele eiwitten tot expressie of een van de meerdere antigene vormen van het eiwit. Deze variaties zijn voornamelijk virulentiestrategieën die worden uitgevoerd door pathogenen.
