Het belangrijkste verschil tussen GGO en transgeen organisme is dat GGO een organisme is met een kunstmatig veranderd genoom, terwijl het transgene organisme een GGO is met een veranderd genoom dat een DNA-sequentie of gen van een andere soort bevat.
Genetisch gemodificeerd organisme (GMO) en transgeen organisme zijn twee termen die we door elkaar gebruiken. Beide soorten organismen hebben een gewijzigd genoom dat kunstmatig is gewijzigd. Er is echter een klein verschil tussen GGO en transgeen organisme. Hoewel beide een gewijzigde genomen hebben, is een transgeen organisme een GGO met een DNA-sequentie of een gen van een andere soort. Alle transgene organismen zijn dus ggo's, maar niet alle ggo's zijn transgeen.