Het belangrijkste verschil tussen complementatie en recombinatie is dat complementatie het vermogen is van twee mutanten in combinatie om een normaal fenotype te herstellen, terwijl recombinatie de uitwisseling is van genetisch materiaal tussen chromosomen, wat resulteert in fysieke veranderingen in chromosomen.
Complementatie en recombinatie zijn twee concepten die genetisch verschillende organismen produceren. Complementatie herstelt het normale fenotype wanneer twee mutanten worden gecombineerd, terwijl recombinatie aanleiding geeft tot een organisme met een veranderde genetische samenstelling door de uitwisseling van genetisch materiaal tussen organismen.
