Het belangrijkste verschil tussen structurele en functionele genomica is dat structurele genomica de studie is van de fysieke aard van genomen, inclusief het sequencen en in kaart brengen van genomen, terwijl functionele genomica de studie is van de expressie en functie van het genoom.
Genomics is een gebied van de biologie dat betrekking heeft op de structuur, organisatie, functie, evolutie en het in kaart brengen van genomen van levende organismen. Het omvat ook de sequentiebepaling van genomen, bepaling van de complete set eiwitten die door een organisme worden gecodeerd, en het functioneren van genen en metabole routes in een organisme. In eenvoudige bewoordingen is genomics de grootschalige studie van een groep genen. Daarom worden de onderzoeken uitgevoerd op het niveau van het genoom. Structurele genomica en functionele genomica zijn de twee belangrijkste takken van genomica. Structurele genomica richt zich op het karakteriseren en het voorzien van een locatie voor de gehele set genen in een genoom. Functionele genomica daarentegen richt zich op de functie en eigenschap.