De belangrijk verschil tussen epistase en pleiotropie is dat epistasis het fenomeen is waarbij één gen op één locus de fenotypische expressie van een gen op een andere locus verandert, terwijl pleiotropie het fenomeen verklaart waarin een enkel gen meerdere fenotypische eigenschappen beïnvloedt.
Epistase en pleiotropie zijn twee fenomenen in de genetica. Epistasis treedt op wanneer meer dan één gen een enkel fenotype bepaalt. Daarom beïnvloedt het ene gen in epistasis de expressie van een ander gen dat zich op een andere locus bevindt. Pleiotropie daarentegen treedt op wanneer één gen meerdere fenotypes bepaalt. Daarom draagt één gen bij aan meerdere kenmerken. Zowel epistasis als pleiotropie zijn variaties op Mendelian Inheritance.
