Het belangrijkste verschil tussen allograft en autotransplantaat is dat allograft een bottransplantaat is dat van een donor (een andere persoon) is genomen, terwijl autotransplantaat een bottransplantaat is dat van de patiënt zelf is afgenomen.
Allograft en autotransplantaat zijn twee veelvoorkomende typen menselijke bottransplantaten die worden gebruikt voor transplantaatafleveringsprocedures om botletsel te genezen. Afhankelijk van het letsel kiezen chirurgen een geschikt transplantaat voor de operatie. Autotransplantaat is van het lichaam van de patiënt zelf, terwijl allograft van een donor is. Het slagingspercentage van autotransplantaatchirurgie is hoger dan allograftchirurgie. Bovendien is het risico op infectie ook hoog bij allogene transplantaten dan bij autotransplantaten.