Het belangrijkste verschil tussen endotoxine en exotoxine is dat het endotoxine een lipopolysaccharide is dat in de bacteriële celwand ligt, terwijl exotoxine een eiwit is dat wordt uitgescheiden naar de buitenkant van de bacteriële cel.
Toxigenese is het proces waarbij toxines worden geproduceerd door pathogene bacteriën. Het is een van de belangrijkste mechanismen die bacteriën gebruiken om ziekten te veroorzaken. Er zijn twee soorten bacteriële toxines, zoals endotoxines en exotoxines. Er is zowel structureel als chemisch verschil tussen endotoxine en exotoxine. Bovendien werken ze anders op levende organismen. Over het algemeen zijn endotoxinen lipopolysacchariden, terwijl exotoxinen eiwitten zijn.
